San João Marcos foi un antigo municipio do estado brasileiro do Río de Xaneiro despovoado e demolido en 1940 para a formación dunha presa para a produción de enerxía eléctrica.
Actualmente parte de seu territorio é o 3º distrito do municipio de Río Claro, no Vale do Paraíba Fluminense e conta con 867 habitantes (est. 2000).
Até o século XIX tivo o nome de San João Marcos do Príncipe.
Súa poboación foi desprazada para municipios veciños como Río Claro (que era seu distrito), Mangaratiba, Itaguaí e Piraí, para ser inundada pola Presa de Ribeirão das Lajes a partir dos anos 1900, cando diversas epidemias de malária dizimaram parte considerábel da poboación local e a levaron á decadencia, até 1943, época da última etapa das obras de ampliación da presa, cuxas augas do lago que se formou non cubriren a maior parte da antiga cidade.
As ruínas deste antigo municipio fluminense poden ser visitadas partíndose do Centro do municipio de Río Claro, ou seguindo da cidade de Mangaratiba pola RJ-149, estando en proxecto a construción dun parque arqueolóxico, coa finalidade de preservar súa memoria.