As actividades de investigación científica e tecnolóxica en Portugal son sobre todo conducidas no ámbito dunha rede de unidades de I&D pertencentes a universidades públicas e estatais de xestión autónoma de investigación, en institucións como o INETI - Instituto Nacional de Enxeñaría, Tecnoloxía e Innovación[1]. O financiamento deste sistema de investigación é conducido principalmente so a autoridade do Ministerio da Ciencia, Tecnoloxía e Ensino Superior[2]. As maiores unidades de I&D das universidades públicas, en número significativo de publicacións, que alcanzou o recoñecemento internacional, inclúen institucións de investigación de biociências como o Instituto de Medicina Molecular[3], o Centro de Neurociências e Bioloxía Celular[4], o IPATIMUP, e o Instituto de Bioloxía Molecular e Celular[5]. De entre as universidades privadas, centros de investigación notábeis inclúen o Laboratorio Expresión Emocional e Facial. Dos centros de investigación notábeis apoiados polo Estado, está o Laboratorio Internacional Ibérico de Nanotecnologia, un esforzo de investigación conxunta entre Portugal e España. Entre as maiores institucións non estatais está o Instituto Gulbenkian de Ciencia e a Fundación Champalimaud[6], que atribúe anualmente un dos máis elevados premios monetarios do mundo relacionado coa ciencia. Unha serie de empresas nacionais e multinacionais de alta tecnoloxía, son tamén responsábeis por proxectos de investigación e desenvolvemento. Unha das máis antigas academias de Portugal é a Academia das Ciencias de Lisboa.
Portugal fixo acordos con varias organizacións científicas europeas con vista á plena adhesión. Estas inclúen a Axencia Espacial Europea (ESA), o Laboratorio Europeo de Física de Partículas (CERN), o ITER, e o Observatorio Europeo do Sur (ESO). Portugal ten entrado en acordos de cooperación co MIT (E.U.A.) e outras institucións norteamericanas, a fin de desenvolver e aumentar a eficacia do ensino superior e de investigación en Portugal.